筛靶点、构模型、做验证，找海星，做源头创新
shRNA单靶点干扰慢病毒
低至1790元
快至2周交付
过表达慢病毒全套服务
低至2980元
快至4周交付
shRNA(3保1)慢病毒套装
低至4280元
快至4周交付
| siRNA的设计原则
siRNA是否能起到特异性沉默目的基因作用，siRNA序列的设计，是关键的因素之一，或者说是最重要的因素。
以下是设计siRNA遵循的一般原则和步骤：
1. 确定靶基因，并针对靶基因序列进行一些简单的生信分析，了解该mRNA转录本的基本结构信息，及这个基因的不同转录本，基因或基因上SNP位点多态性，功能域等一些基础信息；并针对该基因，查询相关数据库，看是否有已验证过的siRNA序列。有则尽量优先用验证有效的序列，没有则自行设计；
2. 一般首选靶基因的CDS区域作为siRNA的同源区，其次才选择3’UTR；一般不建议选择5’UTR；
3. siRNA碱基组成方面，一般建议GC含量在（30-52%），并避免单碱基连续4个以上的重复区域，一般选择AA开始区域（这样对应的反义链以uu作为3’末端）；
4. 如果直接合成siRNA，则注意退火后的siRNA是5’缩进，3’突出的；一般是突出2个碱基；
5. 序列内部（即siRNA核心序列）避免稳定的二级结构；
6. 候选siRNA区域确定后，还需要对本种属做对库搜索，避免与其它基因同源；
7. 一个靶基因，需要选定3-5个合格的siRNA位点供筛选；即需要合成3-5套siRNA或构建3-5个shRNA载体；
8. 一般还需要提供一个阴性对照（阴性对照最好是与siRNA序列碱基组成相似但与靶基因及种属其它基因没有同源性）；最好还有一个阳性对照（阳性对照选用同种属其它靶基因已验证过的siRNA序列）
| shRNA
shRNA，短发卡RNA（short hairpin RNA），是指插入到相应表达载体（比如慢病毒）中的针对目的基因的特定序列（经过设计和筛选的高效且特异抑制目的基因）和特定结构（由loop序列区隔开的反向重复序列），在体内启动转录，形成发卡结构，在体内的DICER及RNase作用下，形成siRNA并诱导RNA干扰抑制特定基因表达。它通常由3个元件构成：一个转录启动子，一个shRNA前体序列和一个转录终止信号。
shRNA具有较强的基因沉默能力，在体内转录后经过酶切形成siRNA分子，通过与RNA干扰复合体（RISC）结合，降解特定的mRNA分子，进而对特定基因表达进行调控。shRNA技术已广泛应用于基因功能研究和基因治疗等领域。
| shRNA的特点
1.靶向性强
理论上，shRNA能够对目标基因进行特异性的抑制，而不影响其他基因的表达。这种靶向性强的特点使得shRNA在基础研究和临床治疗中有着广泛的应用前景。
2.适用范围广
shRNA可以用于多种类型的细胞和生物体系中，并且能够针对多种不同的基因进行沉默。这种特点使得shRNA成为了研究和治疗各种疾病的重要手段。
3.操作简单
与其他基因敲除技术相比，shRNA的设计、合成和操作相对简单。通常只需要将shRNA序列克隆到质粒或病毒载体中，然后导入到细胞内即可实现基因沉默效应。
4.抑制效果持久
shRNA可以在细胞内诱导长期的基因沉默效应，其抑制效果可以持续几天甚至数周。这种特点使得shRNA成为了研究和治疗需要长期监测的疾病的重要工具。
5.技术成熟
自从RNA干扰技术被发现以来，shRNA设计和合成技术已经不断完善，且有多种商业化产品可供选择。这种技术成熟的特点保证了shRNA在实际应用中的稳定性和可靠性。
| shRNA与siRNA区别
shRNA | siRNA | |
稳定性 | 高 | 低，易降解，寿命短 |
作用时效 | 作用时间较长，持续数星期甚至更长 | 作用时间较长，持续数星期甚至更长 |
脱靶率 | 低 | 高 |
导入方式 | 质粒载体，普通转染 ;病毒导入，克服转染困难的细胞导入 | 普通转染，困难细胞难易转染 |
表达方式 | 聚合酶II型和III型启动子驱动; 可使诱导表达系统; 可以与报告基因共表达，可视化细胞导入效率 | 直接化学合成 |
抑制效果检测时间 | 取决于靶蛋白的半衰期 | |
shRNA较之siRNA具有细胞内表达更稳定，抑制靶基因作用更长久并可传递给子一代等优势，解决了siRNA无法长期稳定沉默目的基因的缺陷。
咨询请致电 400-990-6627 / 18626227506（微信同号）
| shRNA载体构建
shRNA可以克隆到表达载体并表达siRNA 分子，我们可以根据目的基因设计shRNA序列并将其克隆到表达载体中。
（1）克隆到shRNA表达载体中的shRNA包括两个短反向重复序列，中间被一茎环（loop）序列分隔开，形成一个发夹结构，由RNA聚合酶III转录。
（2）两条DNA链互补且两端带有限制性酶切位点，以便之后载体构建。
（3）在启动子下游的切割位点下方紧连一个C，使插入片段和起始子之间有一定的空间，以保证基因转录的发生。
（4）shRNA的正义链5’端必须有一个G，其目的是为了保证RNA聚合酶可以准确识别并转录。
（5）插入的shRNA的茎环应当靠近双链的中心位置。
（6）为了保证RNA聚合酶Ⅲ可以终止转录，5-6个dT必须放置在shRNA插入片段的末端（Pol III转录终止是由DNA非模版链上连续的4～7个脱氧胸腺嘧啶核苷介导）。
（7）在正义链和反义链序列上不能有连续3个或更多的T。这可能导致shRNA的转录提前终止
海星生物Haixing Biosciences基因编辑服务发表部分文章：
1. 影响因子为15.992
Li W, Ali T, Zheng C, et al. Anti-depressive-like behaviors of APN KO mice involve Trkb/BDNF signaling related neuroinflammatory changes[J]. Molecular Psychiatry, 2022, 27(2): 1047-1058
2. 影响因子为8.32
Li W, Ali T, Zheng C, et al. Fluoxetine regulates eEF2 activity (phosphorylation) via HDAC1 inhibitory mechanism in an LPS-induced mouse model of depression[J]. Journal of neuroinflammation, 2021, 18(1): 1-19.
3. 影响因子为5.59
Xiao P, Chen J, Zeng Q, et al. UNC5B Overexpression Alleviates Peripheral Neuropathic Pain by Stimulating Netrin-1-Dependent Autophagic Flux in Schwann Cells[J]. Molecular Neurobiology, 2022: 1-15.
|
|
